ChIP-seq送样建议-诺禾致源

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ChIP-seq

1. 细胞类样本
2. 动物组织
3. 植物组织
4. 其他类型样本
5. 注意事项
6. 打包及寄送建议
- 6.1 样本的打包
- 6.2 样本的名称标识

声明：
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》（点击查看）的所有样品。对于高毒性动植物等样品，必须事先通过销售、客服或运营经理与诺禾致源技术人员联系，确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项：核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系，尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响，因此较难保证单次提取满足质量要求，客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸，请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本，建议自行提取。取样过程中，需要全程佩戴手套，并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒，以免样本污染

1.细胞类样本

样本类型	送样量	样本保存和运输
贴壁细胞悬浮细胞	交联细胞：10⁷(自行交联）建议细胞初始活性在 90%以上	液氮速冻后，干冰运输

细胞处理方法：
a.为降低运输过程中细胞死亡及其他耗损情况对实验的影响，针对细胞样品寄送前采用公司提供的交联试剂及交联方法，完成交联后送样。样本量：1X10 ⁷个；
b.若需要WB检测需额外提供一份样本。样本量：1X10 ⁷个。

2.动物组织

样本类型	送样量	样本保存和运输
动物组织（包含肿瘤组织）	肿瘤组织：0.5-1g；个体较小动物如小鼠、雏鸡、斑马鱼等肝脏、心脏、脑等组织：0.5-1g；个体较大动物如猪、牛、羊等肌肉、晚期胚胎等组织：2-3g；脂肪组织8-10g；昆虫等整只个体：2-3g；	液氮速冻后，干冰运输
动物组织处理方法：（1）取新鲜组织，剔除结缔组织和脂肪组织等非研究所需组织类型；（2）迅速用预冷的0.9％生理盐水漂洗将组织表面残留的血液冲洗干净；（3）如果组织体积较大，尽量将组织切成长宽高均≤0.5cm的小块（即黄豆大小）；（4）将处理好的组织样本混合均匀后保存于10ml或更大体积的旋盖冻存管中，准确标记；（5）迅速置于液氮中冷冻1-2h，后放置-80℃或液氮中保存。肿瘤组织处理方法：（1）对肿瘤组织的取材，尽可能准确地判定肿瘤和正常组织，如果有可能请根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位，肿瘤组织应将周围的正常组织切除干净（正常组织也应将周围的肿瘤组织切除干净）；（2）离体后请立即分割组织，约2-3mm厚，将组织放入2.0ml或更大体积旋盖冻存管中；迅速置于液氮中冷冻1-2h，然后转移至-80℃或液氮中保存。

3.植物组织

样本类型	送样量	样本保存和运输
植物组织	株系：3-5g；根系：5g以上；茎杆：3-5g；叶片：3-5g；果实：8-10g；种子：3-5g；花序、花蕊、花粉：0.5-1g；	置于密封袋中，液氮速冻，干冰运输。建议选取幼嫩的叶片，种子、根等。
植物组织处理方法：（1）取新鲜植物组织，大田或野外获取的材料，取材后需将材料表面的灰尘或泥土冲洗干净，吸干；（2）如果组织体积较大，应尽量将组织剪切成小块放入10ml或更大体积的冻存管中，或者使用锡箔纸包严后放入自封袋，准确标记；（3）迅速置于液氮中冷冻1-2h，然后转移至-80℃或液氮中保存。

4.其他类型样本

样本类型	送样量	样本运输
IP产物	浓度∶> 2ng/μL 体积∶20μL ≤ V ≤ 120μL IP产物：≥ 10ng（单次建库5ng） 100-500bp间有明显主带	干冰运输
自建库	体积：≥ 15μL 浓度：≥ 3ng/μL 总量：≥ 10ng （需备注插入片段分布范围）	干冰运输

5.注意事项

（1）二倍体，有参考基因组（拼接到染色体水平），注释完整（基因水平，有外显子、内含子、CDS）。
（2）细胞样本需自行固定（交联试剂请提前联系销售）。
（3）目前可选择的抗体种类及抗体货号见抗体列表：诺禾致源ChIP-seq项目抗体列表（点击查看）。所需抗体若为非列表内的抗体，需提供抗体名称、物种等信息进行评估；非列表内的抗体需自行购买提供；非组蛋白类抗体，需提供目的蛋白分子量大小（标签抗体需提供蛋白大小+标签抗体大小）。
（4）细菌、真菌类样本需评估。
（5）收集好的细胞/组织样品放到离心管或EP管中送样（不要将样品直接装入密封袋）。
（6）【勿】使用RNAlatter、TRIzol、酒精保存。
（7）组织类样本切记不可反复冻融。反复冻融样本不建议送样。
特别提醒：自行购买的抗体，进行抗体寄送前务必与抗体公司确认抗体邮寄方式，根据抗体保存条件确定录样组织类型。

6 样本打包及寄送建议

6.1 样本的打包
（1）核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品，并用封口膜封口。为了防止样品管破裂，或者污染和混乱，请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备，还请在送样前自行转管处理。
（2）组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品，并用封口膜封口。
（3）为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂，最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中，并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中，并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品，为防止运输中受挤压破损，建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中，在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
（4）对于血液样品，建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载，为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏，需要将每支采血管管身均用气泡垫包好，然后放置到塑料或纸质包装盒中。
（5）用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出，建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
（6）为便于处理和保存，组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍（特殊的得率较低的样品除外）。
6.2 样本的名称标识
（1）所有的样品必须具有清晰的标记，并且简洁明了。
（2）使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称，并将锡箔纸放在自封袋中，自封袋外面再标记上样品名称，防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
（3）使用乙醇沉淀的核酸样品，由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊，建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上，然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上，并缠绕2-3圈。
（4）样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。