基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
eQTL—基因组与转录组联合分析,揭示调控表达位点
表达数量性状基因座(expression quantitative trait loci,eQTL)是染色体上一些能特定调控mRNA和蛋白质表达水平的区域, 其mRNA/蛋白质的表达水平与数量性状成比例关系。其具体原理是把基因表达量 作为一种数量性状,研究遗传突变与基因表达的相关性。应用方向
诺禾优势
1. 分析方案成熟
诺禾致源不仅可以实现基因组与转录组的联合分析,还可以根据进行pQTL、meQTL、mGWAS、EWAS等分析,以及根据GTEx/TCGA等数据库或队列样本多组学数据开展TWAS、PWAS等分析。2. 周期快、稳定性高
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。高性能计算平台将持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。20,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存信息分析
1.全基因组测序分析
关联分析 | |
---|---|
疾病显著性关联位点分析(GWAS) | 1.Fishe r精准检验 |
2.绘制曼哈顿图 | |
3.绘制 Q-Q 图 | |
4.绘制 Locus Zoom 图 | |
疾病显著性关联基因分析(Burden) | 1.SKATO 统计检验 |
2.绘制Heat map 图 | |
备注:Control 的选择范围 (1)客户准备control样本,和case 样本进行测序后,进行关联分析; (2)可以免费利用诺禾内部自然人数据库Novozhonghua作为control来做关联分析; (3)可以利用数据库gnomAD 作为control来做关联分析。 |
2.转录组测序分析
3.eQTL分析
eQTL分析 | |||
---|---|---|---|
基本eQTL分析 1.顺式eQTL分析 2.反式eQTL分析 3.eQTL注释:(ENCODE注释、GTEx注释等) 4.eQTL联合GWAS分析 |
差异eQTL分析(需要提供两组以上样本) 1.差异顺势eQTL分析 2.差异反式eQTL分析 |
eQTL和GWAS联合分析 1.overlap分析结果 2.绘制曼哈顿图 3.绘制locus Zoom图 4.与表观组数据联合分析 |
eGene富集分析 1.eSNP显著富集区域分析 2.GO功能富集 3.KEGG通路富集 4.基因-疾病表型关联分析 5.候选基因疾病相关性排序 |
研究策略
样本类型 | DNA样本 | total RNA样本 |
---|---|---|
样本总量 | >0.8ug DNA(提取自新鲜及冻存样本) | >1.0ug(mRNA文库) |
>1.0ug(提取自FFPE样本) | >2.0ug(lncRNA文库) | |
测序策略 | Illumina PE150 | Illumina PE150 |
数据量 | 30X,90G raw data | 6G mRNA/12G lncRNA raw data |
项目周期 | 建库测序分析80天 |
常见问题
1.eQTL分析可以研究哪些疾病?
2.eQTL对非编码区功能怎样进行研究?
3.eQTL分析怎样进行药物处理前后反应的研究?
4.怎样利用eQTL分析进行人群队列研究?
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