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WGS全基因组脱靶检测——基于CAS9的脱靶检测高级分析
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WGS全基因组脱靶检测：
对具有参考序列（Reference Sequence）的不同个体， 采用WGS方法进行全基因组测序，利用生物信息学，对全基因组范围内发生的SNPs和InDels进行准确分析。 -
检测全面、精准分析：
全基因组范围内进行广泛扫描，准确检测编辑信息。
应用方向
筛选脱靶位点
CRISPR/Cas9 技术对细胞系进行编辑后，药物筛选所得表型但是靶点未发生编辑，寻找脱靶位点；筛选全基因组内是否存在其他脱靶位点。寻找插入位置
在基因组中随机插入一段序列，需要明确插入位置的研究。如：CRISPR/Cas9 敲入技术或转基因插入研究。队列研究
疾病与风险因素、遗传特征等研究。癌症疾病
肿瘤、免疫病等研究。探究肿瘤进化机制、寻找肿瘤治疗靶标、高效探索药物机制、开发联合用药等。动植物研究
性状筛选。
诺禾优势
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1.专业背景强
基于成熟的生物信息分析人才，专业的项目分析，可以根据客户不同要求分析个性化内容，在全基因组范围内对编辑位点和脱靶位点，进行准确的定位分析，并且针对于感兴趣片段进行准确定位。 -
2.物种经验丰富
诺禾致源不仅对人，大鼠，小鼠等物种进行全基因组脱靶检测分析，还在烟草、大豆、油菜、食蟹猴等物种中有项目经验！ 助力客户发表更高水平的文章。 -
3.科学方案设计
从建库测序，到数据分析，每一步都需要科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。DNA
（0.6μg）
文库构建
（DNA小片段文库）
测序
（PE150）
生物信息分析
信息分析
| 产品 | 分析内容 |
|---|---|
| 基因敲除 |
1. 数据质控 2. 测序深度、覆盖度统计 3. SNP/Indel 检测、注释及统计 4. 特有 SNP/Indel 检测 5. sgRNA 同源区域筛选 |
| 基因插入 |
1. 数据质控 2. 测序深度、覆盖度统计 3. SNP/Indel 检测、注释及统计 4. 将插入序列 mapping 到参考基因组中，确定基因插入到染色体上的位置 |
送样建议
| 样本类型 | 送样建议 |
|---|---|
| 动物组织样本 | ≥ 0.5g |
| 植物组织样本 | ≥ 0.5g |
| 核酸DNA | 浓度>60ng/μl，体积大于10μl |
| 细胞 | ≥ 5×10 6 |
| 全血 | ≥ 1.5mL |
常见问题
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1.全基因组敲除脱靶检测对于物种是否有限制?
- 有参二倍体物种，使用 CRISPR/Cas9 技术进行基因敲除后得到的样本，均可以进行检测。不接受菌类物种。
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2.基因敲除脱靶检测同源区域是根据什么进行筛选的?
- 筛选根据靶点的序列，也就是 sgRNA 对应的20 bp左右的序列，在全基因组内寻找同源序列，筛选出同源区域后，重点关注同源区域内部的 SNP 和 Indel 序列。
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3.插入分析与敲除分析的区别?
- 两种分析是基于前期编辑类型的不同，造成分析内容有所不同。插入分析主要在于查找外源基因/片段插入到基因组上的位置； 敲除分析主要查找脱靶位点，分析编辑模式。
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4.是否能对插入基因进行拼接?
- 不能进行拼接，通过 reads 同时 mapping 到参考基因组及插入基因上来判断插入基因组的位置。
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5.基因插入的全基因组检测，是否需要提供 control 组样本?
- 不需要提供，数据分析时直接与参考基因组进行 mapping。
拓展材料
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重磅 | 推出基于CAS9的脱靶检测高级分析！
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