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表观组测序

ATAC-seq(mini ATAC-seq)

ATAC-seq(mini ATAC-seq)——研究开放染色质的高通量测序技术

  • ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing):结合高通量测序对Tn5转座酶易接近性核染色质区域进行测序分析,是研究染色质开放性/可及性的测序技术。通过转座酶对某种特定时空下开放的核染色质区域进行切割,即可获得在该时空下全基因组上所有的开放染色质区域信息。 mini ATAC-seq技术是在常规ATAC-seq技术基础上进行升级优化,从而实现5000个细胞/5mg组织即可进行建库的微量ATAC-seq技术。
  • 90秒快速了解ATAC-seq(有声动画版)

应用方向

  • 1、探究整个基因组上的开放染色质情况;
  • 2、研究不同类型细胞分化的机制;
  • 3、比较生物体发育不同阶段/肿瘤相对正常组织等染色质开放性变化;
  • 4、疾病/癌症形成的机制;
  • 5、探究特定环境下,作物的成熟、抗病、抗旱过程中,开放染色质图谱的变化;
  • 6、探究转录因子结合,基因表达调控等生物学过程;

诺禾优势

  • 1.起始量低

    常规ATAC-seq 5万个细胞即可完成建库;mini ATAC-seq(微量ATAC-seq)5千个细胞即可完成染色质开放性研究,最低下探至500个细胞。
  • 2.极致周期

    实现极致周期20天快速稳定交付。
  • 3.新鲜样本

    针对于新鲜样本的ATAC-seq/mini ATAC-seq研究,推出针对短途、中途、长途不同距离的运输方案,以保证样本到达实验室的活性。
  • 4.分析内容丰富

    除ATAC-seq/mini ATAC-seq标准分析内容外,诺禾致源还可提供ATAC-seq/mini ATAC-seq&转录组关联分析、Footprint分析、增强子/超级增强子分析等多项高级分析内容。
  • 5.项目经验丰富

    诺禾致源ATAC-seq/mini ATAC-seq项目经验丰富,涵盖人、大小鼠、猪、鹅、马鹿、鸟类、昆虫类(如果蝇、飞蝗等)、水产/海产类(如扇贝、黄鳝、中华绒螯等)及植物(如油菜、水稻、杨树、拟南芥、苹果、葡萄等)等几十种物种;尤其针对植物果肉、果皮、胚轴等特殊组织部位积累了更丰富的样本处理经验;助力客户在Immunity、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Cancer Research等权威杂志发表多篇高水平文章。
  • 6.周期快、质量好、稳定性高

    诺禾致源基于全面的物种实验库以及优质的测序平台,实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
    • <8

      样本量
    • 35天周期

      20天(极致周期)
    • NovaSeq

      测序平台

信息分析

诺禾致源 ATAC-seq 项目通过转座酶对特定时空开放的核染色质区域进行切割,获得该时空下全基因组中所有活跃转录的调控序列信息,分析转录因子结合信息、核小体区域信息、转录调控元件分布等。
分析内容 解决问题
测序数据质量评估 过滤掉低质量数据,保证数据质量
参考序列比对分析 唯一比对的 reads 分布统计
peak calling 定位开放区域、核小体及转录因子结合位点
peak注释 探究染色质开放程度,鉴定转录因子或其他
调控因子可能调控的靶基因
差异 peak 分析 分析不同样本间差异 peak,探究特定状态
下特异性染色质开放区域
相关基因功能分析 Peak/差异 peak 相关基因 GO、KEGG 富集
分析
motif 分析 探究染色质开放区可能结合的转录因子

关联分析

诺禾致源提供ATAC-seq与RNA-seq关联分析的完整分析流程,用于分析基因表达量和ATAC-seq信号强度的关系。
ATAC-seq与RNA-seq关联分析 1. 整体层面关联
1.1 整体信号分布统计
1.2 不同表达水平基因上下游ATAC信号统计
1.3 整体RNA-seq/ATAC-seq信号关系
2. 差异表达与染色质可及性
2.1 差异基因TSS附近可及性
2.2 差异基因相关ATAC-seq信号统计
3. 差异表达与差异染色质可及性
3.1 差异基因与差异peak统计
3.2 差异基因与差异peak相关基因韦恩图
3.3 差异基因与差异Peak的差异倍数关系
3.4 GO富集分析
3.5 KEGG富集分析

送样建议

样本类型送样建议
ATAC-seq 动物组织 ≥50 mg
植物组织≥300 mg
冻存细胞样本≥5×105
新鲜细胞样本≥1×105
mini ATAC-seq 动物组织 ≥5 mg
冻存细胞样本≥1×104
新鲜细胞样本≥5×103

常见问题

  • 1. ATAC-seq 技术通常与哪些技术结合起来研究?

    • ATAC-seq 获得的是全基因组处于开放状态的序列,这些序列包含了潜在的调控元件,属于表观遗传学的范畴,它通常与 RNA-seq、CUT&Tag/ChIP-seq、Hi-C 等技术相结合,可以深入研究基因表达的调控机制。
  • 2. ATAC能分析转录因子吗?

    • 可以通过ATAC分析寻找潜在可能结合的转录因子信息。ATAC-seq研究开放染色质的区域,这些区域中存在大量转录因子可以结合的区段,根据peak区域的序列进行motif分析,并与数据库进行匹配,提供可能结合的已知转录因子,也可结合footprint分析潜在可能结合的转录因子,从而为下游实验设计或验证提供切入点。

拓展材料

  • 收藏好文

    组学攻略|ATAC组学关联研究思路,让文章与众不同!
  • 线上课程

    「相约每周二」诺禾致源技术训练营——做好 ATAC-seq 的硬核“tips“

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