ATAC-seq-诺禾致源-开放染色质高通量测序技术

ATAC-seq

ATAC-seq——研究开放染色质的高通量测序技术

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing)是一种利用高通量测序对转座酶易接近核染色质进行分析的方法。通过高活性的 Tn5 转座酶将测序接头插入染色质的开放区域，然后通过测序数据来推断染色质区域的可及性，并计算转录因子结合位点和核小体的区域位置。
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起始量低：
常量ATAC：5万个状态良好的细胞即可进行建库，比同类技术节省大约3～5个数量级的细胞。微量ATAC：5千个状态良好的细胞即可进行建库，比常量技术节省了10倍的数量级的细胞。
全基因组范围：
可获得染色体在某个特定的时空条件下所有开放染色质区域，并不仅仅局限于某个转录因子的结合位点，或者某个特定的组蛋白修饰区域。

应用方向

诺禾优势

1.样本起始量低
推出微量ATAC-seq技术，5千个细胞完成染色质开放性研究。
2.满足新鲜样本需求
针对于新鲜样本的ATAC-seq研究，推出短途、中途、长途不同距离的针对性运输方案，以保证样本到达实验室的活性。
3.项目经验丰富
诺禾ATAC-seq除包含常见模式动植物经验外，还成功完成对马鹿、扇贝、黄鳝、中华绒螯、杜仲、黄瓜、苹果、荔枝等多物种的分析。
4.优质项目文章
诺禾致源助力客户在Immunity、Nature Communications、Nucleic Acids Research、Cancer Research等权威杂志发表多篇高水平文章。
5.科学方案设计
诺禾ATAC-seq从材料选取，建库测序，到数据分析，每一步都需要科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。
材料选取

细胞核提取

转座与纯化

ATAC文库
构建

PE150测序

信息分析

信息分析

诺禾致源 ATAC-seq 项目通过转座酶对特定时空开放的核染色质区域进行切割，获得该时空下全基因组中所有活跃转录的调控序列信息，分析转录因子结合信息、核小体区域信息、转录调控元件分布等。

关联分析

诺禾致源提供ATAC-seq与RNA-seq关联分析的完整分析流程，用于分析基因表达量和ATAC-seq信号强度的关系。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

常见问题

1. ATAC-seq 技术通常与哪些技术结合起来研究？
- ATAC-seq 获得的是全基因组处于开放状态的序列，这些序列包含了潜在的调控元件，属于表观遗传学的范畴，它通常与 RNA-seq、ChIP-seq、Hi-C 等技术相结合，可以深入研究基因表达的调控机制。
2. ATAC-seq 研究转录因子结合位点的方法与 ChIP-seq 有何异同？
- 不同于 ChIP-seq 直接获取蛋白结合位点的方法，ATAC-seq 主要是基于开放区域的模体（motif）基因序列来预测可能结合的转录因子。
3. 推荐检测数据量是多少?
- 动物推荐 40 M reads（12G 数据量）；植物存在细胞壁、叶绿体等因素，数据量推荐 100 M reads（30G 数据量）。

拓展材料

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