基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
三代宏基因组测序—超长读长,更真实地还原菌群及其功能组成
三代宏基因组测序摆脱了二代读长短的限制,基于PacBio的超长读长,能轻松覆盖基因间区或基因特异性区域,更真实反馈菌群的复杂组成。除此之外,新三代测序技术-Nanopore 平台, 除了具有超长的读长之外,还以其更低的测序成本深受到研究者的关注,已成为宏基因组测序分析新的热点。应用方向
新物种挖掘诺禾优势
1.组装更佳,注释更精确
目前诺禾致源三代宏基因组研究配备先进的PacBio、Nanopore测序平台,结合样品特点和数据的产出,选取最优组装效果,可以组装出更多binning甚至可以达到单菌级别, 充分挖掘环境样品中的微生物菌群和功能基因。已广泛应用于临床、生态环境、农业等研究中。2.周期短,质量好
诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展, 高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。项目周期 35天
20,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存3.科学方案设计
诺禾致源从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
DNA样品≥5μg
文库构建
上机测序
信息分析
信息分析
诺禾致源以特定环境中的整个微生物群落作为研究对象,直接提取环境样本DNA,采用超长三代测序技术,更精准获得环境微生物基因信息总和。分析内容 | 解决问题 |
---|---|
测序数据质量评估 | 过滤掉低质量数据,保证数据质量 |
基因预测 | 基因预测及相关性分析 |
物种、功能注释 | 物种、基因功能注释及相关分析 |
CARD | 耐药基因相关分析 |
送样建议
样本类型 | 建议送样量 | 最低送样量 |
---|---|---|
土壤/污泥/沉积物/腐殖质 | 6g | 2g |
水体滤膜 (孔径 0.22-0.45μm/直径 3-4cm) | 6张 | 2张 |
空气滤膜(直径种类多,与采样器搭配,有明 显颜色沉淀在滤膜上) | 6张 | 2张 |
拭子 | 10-20 个 | 6个 |
瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液 (离心有明显沉淀) | 6-10mL,沉淀2g | 2mL,沉淀1g |
粪便/肠道内容物 | 5g | 2g |
动物/人组织 | 2g | 1g |
牛奶/酸奶 | 100mL/100g | 20mL/10g |
食糜 | 4g | 2g |
食品表面拭子 | 20个 | 10个 |
常见问题
1.三代宏基因组有什么优势?
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