circRNA测序-诺禾致源-环状全转录组circRNAceRNA测序

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circRNA测序

circRNA测序—研究circRNA的差异表达如何影响生物学过程

环状RNA（circular RNA, circRNA）是一类特殊的非编码RNA分析，测序采用Illumina测序平台进行测序，针对有参考基因组样本开展准确的circRNA鉴定以及来源基因的分析，环状RNA测序在医学、农学研究领域应用越来越广泛。

高效：定量准确、检出率高：
基于高通量测序，依据主流数据库和circRNA鉴定软件，分析项目物种的circRNA信息，深入挖掘circRNA在转录调控中所发挥的重要功能。

应用方向

circRNA测序适合生命体生长发育等各个阶段、部位或方面的研究。

生长发育
人、小鼠、果蝇等细胞、组织生长发育研究。
癌症疾病
肿瘤、代谢病、免疫病等疾病发生与诊治研究。
植物
植物胁迫、生长发育、遗传育种等研究。

诺禾优势

1. 平台优，周期短，性价比高
诺禾circRNA测序采用先进的Illumina平台测序，并与高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）结合，实现快速、稳定的测序数据分析及交付。
- 交付周期<60天
- 测序平台Novaseq
2. 方案设计专业，质控严格
诺禾circRNA测序采用去核糖体及线性RNA方式进行建库，能够有效捕获样品中circRNA，满足同时circRNA差异表达水平的分析以及miRNA结合位点分析。从材料选取，建库测序，到数据分析，每一步都经过科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。

材料选取

提取RNA
≥ 2 μg

文库构建
链特异性文库

PE150测序
8Gb

信息分析
3. 项目文章以及物种经验丰富
诺禾致源已经成功完成对人，鼠，猪，绵羊，耗牛，牛，鸡、兔子，树鼩，鸟类，鸡，斑马鱼，罗非鱼，草鱼，牙鲆，水稻，烟草，棉花，梅花，陆地棉，二穗短尾草，西瓜，梨，海带，杜仲，真菌、葡萄等等，近百个物种进行circRNA测序分析，助力客户在Molecular Therapy等权威杂志发表多篇高水平文章。
- 80人
  分析团队
- 7年
  项目经验
- 400+
  结题项目
- 1对1
  项目服务

信息分析

诺禾致源circRNA测序项目，标准分析流程：主要包括质控，比对，拼接，鉴定，筛选，定量，差异分析，富集分析，miRNA结合位点分析，组织特异性分析，编码潜能预测等等环节。该分析的核心是circRNA 可以通过与 miRNA 结合的方式抑制 miRNA 的功能。因此，对鉴定的 circRNA进行 miRNA 结合位点分析，有助于进一步研究 circRNA 的功能。

关联分析

1.circRNA与miRNA关联分析
- circRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。

2.circRNA、miRNA与mRNA关联分析
- circRNA具有miRNA结合位点，可以作为miRNAspong竞争性地结合miRNA, 抑制miRNA对靶基因的调节作用，从而间接地调控基因表达。基于ceRNA理论，筛选拥有相同miRNA结合位点的circRNA-靶基因对，构建以circRNA为decoy、miRNA为核心、mRNA为靶标的circRNA-miRNA- mRNA调控关系，构建ceRNA调控网络。

动植物多组学

疾病多组学

癌症多组学

微生物多组学

转录调控和蛋白多组学

表观遗传

送样建议

样品类型	送样建议	备注
新鲜动物组织干重	内脏组织、脑组织≥ 0.5g脂肪、皮肤、骨头、血管等其他组织≥2g	核酸不丰富部位，例如脂肪、成熟皮肤、骨头等部位建议酌情增加送样量
新鲜植物组织干重	叶片、花 ≥0.8g,根、茎、种子等其他组织≥2 g	成熟部位，例如植物茎、根、种子等部位建议酌情增加送样量
新鲜培养细胞	≥1X10 ⁷个	-
BD采血管	≥2管	血液样本送样前加入EDTA抗凝管，推荐使用BD管送样
Total RNA建库起始量	总量：≥2ug	浓度：≥50ng/uL；体积：20uL ≤ V ≤120uL

常见问题

1.lncRNA 数据中有多少是circRNA 的数据？
- 10%左右，与细胞的来源和所处状态有关，因为 circRNA 的表达具有组织特异性和时序性，不同来源和状态的细胞或组织circRNA 的表达量不同。

2.lncRNA 建库方法的检出率为多大？
- 15%-27%。有文献报道，RNase R 未处理的检出率是处理后的 24%。

3.circRNA 的长度分布是多少？
- 200-100000nt

4.miRNA结合位点分析具体指什么？
- miRNA 结合位点分析，预测circRNA通过竞争性结合 miRNA 影响基因的表达;来源基因分析，通过来源基因的变化来预测其功能。

5.circRNA测序都可以和哪些数据联合分析？
- circRNA 产品可以和转录组，miRNA ，甲基化产品联合分析，具体如何分析需根据研究目的和老师的需求制定个性化分析。

6.为什么需要 8G 这么大的数据量？
- 8G 的数据量是为了保证低表达的circRNA 的检出。继续增大数据量，还会一定程度增加circRNA的检出数量。

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