基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
转化医学>
转化医学及临床试验服务>
伴随诊断一站式解决方案>
多组学联合分析>
CUT&Tag—DNA-蛋白质相互作用研究技术
热点技术:
相比传统ChIP-seq技术,CUT&Tag是全方位的升级,如起始量、信噪比、样本重复性等。起始量低:
相比传统ChIP-seq技术,极大地减少样本使用量。信噪比高:
实验材料无需进行甲醛交联,产出数据信噪比高。应用方向
1. 应用于蛋白质与DNA互作研究诺禾优势
1. 性价比较高
较少的测序数据即可获得丰富的数据。2. 实验重复性好
样本不受甲醛交联引起的表位遮蔽影响。3. 样本起始量低
所需细胞量较少,最低可做至1000个细胞。4. 专业严谨,保证高质量数据产
诺禾致源从样本处理,抗体富集,Tn5酶切割,DNA纯化,建库测序, 到数据分析,每一环节都经过优化和数据验证,保障高质量数据产出。寄送样本和一抗
样本检测
实验建库
上机测序
数据分析
信息分析
诺禾致源CUT&Tag测序项目,通过对获得的高质量reads,进行Peak calling及motif分析,高效预测相关基因, 进行功能富集分析、预测特异蛋白的功能,组蛋白染色体结合图谱以及DNA的表观修饰。分析内容 | 解决问题 |
---|---|
测序数据质量评估 | 过滤低质量数据,保证数据质量 |
与参考基因组比对 | reads分布及比对结果可视化 |
Peak calling | 分析蛋白结合位点 |
motif分析 | 蛋白结合序列的偏好性 |
peak峰相关基因注释 | 寻找蛋白潜在调控基因 |
差异peak分析 | 分析不同样本间差异peak峰 |
相关基因功能分析 | 相关基因GO,KEGG富集分析 |
关联分析
CUT&Tag与RNA-seq关联分析 | 1. 整体层面的关联 |
---|---|
1.1 整体信号分布展示 | |
1.2 不同表达⽔平基因的CUT&Tag 信号分布展示 | |
1.3 所有基因的CUT&Tag 信号热图 | |
1.4 所有基因启动子区域CUT&Tag信号与基因表达量关联密度散点图 |
|
2.差异表达基因对应表观信号分布 | |
2.1 差异表达基因的CUT&Tag 信号 | |
2.2 差异表达基因的RNA-seq和CUT&Tag 信号热图 | |
2.3 差异表达基因上的CUT&Tag 信号累计分布图 |
|
3.差异峰区域相关的基因表达变化情况 | |
3.1 CUT&Tag 信号变化与表达变化的热图 | |
3.2 差异峰相关基因的FPKM累计分布图 | |
4. 差异峰区域与差异表达基因的关联 | |
4.1 CUT&Tag 和RNA-seq的四象限图 | |
4.2 差异峰基因和差异表达基因的韦恩图 | |
4.3 GO富集分析 | |
4.4 KEGG富集分析 |
送样建议
高等哺乳动物的冻存细胞 | 高等哺乳动物的冻存组织 |
---|---|
>40万,建议复苏后活性>80% | >40mg |
一抗建议:
请选择ChIP级别的一抗,提供未稀释的一抗原液。送样前请联系销售提供一抗的说明书,以方便后续项目进行。具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。
常见问题
1.CUT&Tag接收样本的物种有什么要求?
CUT&Tag目前可接收动/植物等真核样本,冻存/新鲜状态均可,具体的送样要求请详询各地区销售技术人员。
2.客户有动物组织,建议消化成原代细胞送样还是将组织冻存送样?
建议寄送冻存组织。CUT&Tag对细胞的活性要求较高,原代细胞通常活性偏低,冻存复苏后的细胞活性很难达到送样要求,建议将新鲜组织清理冻存,及时送样。
3.CUT&Tag和ChIP-seq有什么区别?
从建库流程角度,CUT&Tag要求的细胞起始量远低于ChIP-seq,不需要对样本进行甲醛交联, 使用beads吸附活细胞的状态下先进行一抗孵育,后使用Tn5转座酶切割片段并添加接头,且无需后续的解交联步骤。即样本起始量、 样本状态、抗体孵育、核酸片段化等步骤原理和ChIP-seq均不相同。从结果上看,CUT&Tag的数据信噪比更好,可重复性更好。
4.抗体应该如何选择?
CUT&Tag的数据产出主要取决于样本量、一抗特异性和一抗的靶点丰度。一抗需要客户提供商品化的ChIP级别的一抗原液, 项目结束后可寄还剩余一抗。如需公司提供二抗,则限定鼠/兔源的一抗,如无需使用公司二抗,则需要老师提供二抗。
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