微生物基因组重测序-诺禾致源-细菌真菌重BGWAS比较基因组cgMLST测序

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微生物基因组重测序

微生物基因组重测序——一站式解析变异与差异

微生物种类繁多，菌株的分化速度快，需要有一个经济快速的方法，对大范围内的海量菌株进行测序研究，了解菌株间的变异信息。微生物基因组重测序应运而生，它是基于小片段文库的高通量测序数据，通过与近缘参考基因组进行比对，从而进行变异检测的方法。可以检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SVCNV等变异信息，以精准快捷为特点，系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。

应用方向

相比芯片检测或者外显子测序，基因组 DNA 重测序可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异，在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点，具有重大的科研价值和产业价值。利用全基因组重测序有助于快速发现与细菌/真菌重要性状相关的遗传变异，如病原真菌的致病因子信息、食用/药用真菌的功能基因。除此之外，在对大规模样本的分析过程中，结合进化学研究，可以帮助获取细菌/真菌进化史、传播规律等信息。

诺禾优势

1. 周期短，质量好
诺禾致源微生物基因组重测序采用先进的Illumina测序平台，快速、高效地读取高质量的测序数据。诺禾致源高性能计算平台（High Performance Computing，HPC）采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展，高性能计算平台将会持续更新并扩容，以保证高效的数据处理和安全的数据存储。
- 30天+
  项目周期
- Genome
  检测方法
- ALL
  检测结果
- 20,280个
  物理核数
- 1,727 ^{T flops}
  计算峰值速度
- 400 ^TB
  总内存
- 58.6PB
  总储存

2.方案设计专业，流程严格

微生物重测序产品，以精准快捷为核心，切中核心目标，准确检测菌株间的重要变异信息。

产品	测序平台	测序策略	检测内容	项目周期
细菌重测序	Illumina PE150	350 bp文库 ≥ 100 X	SNP、InDel、SV	30个自然日
真菌重测序	Illumina PE150	350 bp文库 ≥ 30 X	SNP、InDel、SV、CNV	30个自然日

从材料选取，建库测序，到数据分析，每一步都需要科学、缜密的设计，以保障高质量研究成果。

样本DNA提取

DNA检测

文库构建

文库检测

上机测序

3.项目文章以及经验丰富
诺禾致源微生物客户遍布全球，项目合作涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等多个领域。微生物基因组重测序完成样品数超过上万个，已助力客户在mSystem、Nature Communication、Genome Biology、Microbiome、ISME等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计，严格的质控管理，专业的分析团队，丰富的项目经验，优质的项目服务”确保每一个环节都能出色完成，助力科学研究。
- 60人
  分析团队
- 8年
  项目经验
- 5000+
  结题项目
- 1对1
  项目服务

信息分析

分析内容=标准分析+高级分析。
深入到位的数据分析可系统、全面了解样本的信息。变异检测只是重测序的数据基础，基于数据的挖掘，才是解释生物学问题的桥梁。一系列的信息分析，帮助我们更好的解读数据，了解菌株进化、选择和传播等重要问题。

分析内容	解决问题
变异检测	准确定位变异位点

送样建议

DNA 送样建议

产品类型	文库类型	浓度要求	总量要求 (单次建库)	其他要求
细菌框架图	350bp 文库	≥20 ng/μL	400 ng	DNA 无降解，条带单一，无杂带，无 RNA、蛋白质等杂质污染
细菌完成图	350bp 文库	≥20 ng/μL	≥500 ng	DNA 无降解，条带单一，无杂带，无 RNA、蛋白质等杂质污染

常见问题

1.重测序与基于基因组的变异检测有何差异？
- 基于基因组的研究，可以比重测序获得更多变异信息，特别是基因组中高变异的区域，以及部分新基因信息。此外，对于亲缘关系较远的菌株，由于高变区域较多，借助基因组手段效果会更理想。而重测序的优势主要在于成本方面。对于大量近缘菌株间的进化研究，用重测序结果作为研究基础是足够的，可以用同样的费用获得更多材料的变异信息。
2.基于重测序和基于单拷贝基因的进化分析有何差异？
- 进化分析的基本要求，是找到不同基因组之间共有的保守序列，并通过序列间的差异，使用合适的数学模型构建菌株间的进化关系，通过重测序和单拷贝基因都能达到这样的目的。由于采用的数据集合有所差异，因此个别近缘物种的进化关系可能有细微改变，不过大范围的进化关系通常都是一致的。
3.重测序分析如何保证变异信息的可靠性？
- 重测序分析中，变异信息是所有后续分析的核心，变异数据的可靠性，是整个研究可靠性的保障。我们在重测序变异检测的过程中，从下机数据的QC，到严格的数据比对，以及变异检测结果的再过滤，每个步骤都经历了严格的质控和数据过滤，保证了最终变异检测数据的可靠性。

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