基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
动植物基因组测序>
微生物基因组重测序——一站式解析变异与差异
微生物种类繁多,菌株的分化速度快,需要有一个经济快速的方法,对大范围内的海量菌株进行测序研究,了解菌株间的变异信息。 微生物基因组重测序应运而生,它是基于小片段文库的高通量测序数据,通过与近缘参考基因组进行比对,从而进行变异检测的方法。 可以检测获得菌株和参考基因组的SNP、InDel、SVCNV等变异信息,以精准快捷为特点,系统全面的检测变异信息。同时还可进一步进行物种进化、种群特征、选择压力等研究。应用方向
相比芯片检测或者外显子测序,基因组 DNA 重测序可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异,在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点,具有重大的科研价值和产业价值。利用全基因组重测序有助于快速发现与细菌/真菌重要性状相关的遗传变异,如病原真菌的致病因子信息、食用/药用真菌的功能基因。除此之外,在对大规模样本的分析过程中,结合进化学研究,可以帮助获取细菌/真菌进化史、传播规律等信息。诺禾优势
1. 周期短,质量好
诺禾致源微生物基因组重测序采用先进的Illumina测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。30天+
项目周期Genome
检测方法ALL
检测结果20,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存2.方案设计专业,流程严格
微生物重测序产品,以精准快捷为核心,切中核心目标,准确检测菌株间的重要变异信息。产品 | 测序平台 | 测序策略 | 检测内容 | 项目周期 |
---|---|---|---|---|
细菌重测序 | Illumina PE150 | 350 bp文库 ≥ 100 X | SNP、InDel、SV | 30个自然日 |
真菌重测序 | Illumina PE150 | 350 bp文库 ≥ 30 X | SNP、InDel、SV、CNV | 30个自然日 |
样本DNA提取
DNA检测
文库构建
文库检测
上机测序
3.项目文章以及经验丰富
诺禾致源微生物客户遍布全球,项目合作涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等多个领域。微生物基因组重测序完成样品数超过上万个,已助力客户在mSystem、Nature Communication、Genome Biology、Microbiome、ISME等权威杂志发表多篇高水平文章。“科学的方案设计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务”确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。60人
分析团队8年
项目经验5000+
结题项目1对1
项目服务信息分析
分析内容=标准分析+高级分析。分析内容 | 解决问题 |
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变异检测 | 准确定位变异位点 |
送样建议
DNA 送样建议产品类型 | 文库类型 | 浓度要求 | 总量要求 (单次建库) | 其他要求 |
---|---|---|---|---|
细菌框架图 | 350bp 文库 | ≥20 ng/μL | 400 ng | DNA 无降解,条带单一,无杂带,无 RNA、 蛋白质等杂质污染 |
细菌完成图 | 350bp 文库 | ≥20 ng/μL | ≥500 ng |
常见问题
1.重测序与基于基因组的变异检测有何差异?
2.基于重测序和基于单拷贝基因的进化分析有何差异?
3.重测序分析如何保证变异信息的可靠性?
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