基因组测序>
建库测序>
人类基因组测序>
动植物基因组测序>
微生物基因组测序>
转录调控测序>
表观组测序>
单细胞测序>
空间转录组>
基因分型>
质谱分析>
蛋白组学分析>
代谢组学分析>
免疫定量>
多组学联合分析>
分子育种>
基因合成>
BSA性状定位—快速定位极端性状基因
BSA(bulked segregant analysis)分离体分组混合分析法,针对目标性状,选择表型极端差异的亲本构建家系,对亲 本个体及目标性状表型极端差异的子代混池进行全基因组重测序。根据亲本间纯和差异的位点, 在子代池中挑选差异较大的位点进行性状定位。 BSA原理图: BSA家系构建:家系群体的构建方法有很多种,其中F2、BC、RIL为常见的可做BSA的群体,常规F1代由于无性状分离,不可用于BSA性状定位。 常见家系BSA的分析方法:
1.QTL-seq
适用于自然变异下的材料,定位主效QTL位点。2. MutMap
适用于点突变产生的突变体且突变性状为质量性状的材料,MutMap比较适合对EMS诱变的隐性突变基因进行分析。 MutMap 方法示意图[2]3.MutMap+
适用于隐性致死突变、不育或者人工杂交困难的物种。 MutMap+方法示意图[3]4.MutMap-Gap
适用于研究品系中特有的但在该物种参考基因中缺失的突变位点,或感兴趣的位点是T-DNA外源插入位点的定位。5.GPS-BSA
GradedPool-Seq是一种改良的BSA,目的是快速定位复杂性状QTL定位,可对于多个混池测序数据,进行Ridit检验,通过p值筛选显著关联的位点。6.PCAMP
PCAMP是一种 QTL-seq 的优化方法,混池个数由2个扩展到N个(N≥3),分析方法由单组混池测序成对比较分析扩展到多组混池测序成对比较分析(Pair-wise Comparison Analysis for Multiple Pool-seq,PCAMP)。 PCAMP定位花青素合成相关基因 [6]诺禾优势
1.周期短,定位准,性价比高
基于全基因组重测序的BSA性状定位,可快速准确地找到差异位点, 实现目标性状基因的高效定位,具有“周期短、定位准、性价比高”的优势, 已广泛应用于植物、作物等有参考基因组的物种。30天
项目周期6000元起
项目费用2.全范围位点挖掘
基于全基因组重测序技术,诺禾致源的BSA性状定位,是对整个基因组进行测序分析,以获得全基因组范围的所有变异信息,力争不错过任何一个与性状相关的位点。3.高质量测序数据,高性能计算平台
BSA性状定位采用先进的高通量测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。 诺禾致源高性能计算平台(High Performance Computing,HPC)采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合,实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展, 高性能计算平台将会持续更新并扩容,以保证高效的数据处理和安全的数据存储。PE150
测序读长≥85%
测序质量Q3020,280个
物理核数1,727 T flops
计算峰值速度400 TB
总内存58.6PB
总储存4.科学方案设计
从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。材料选取
DNA样品
≥0.5μg
文库构建
350bp
PE150测序
亲本:10×/个体
子代:20×/混池
信息分析
5.出色完成每一个项目环节
至2021年12月,诺禾致源已对作物类、果蔬类、水产、普通植物类等数百种物种进行精确目标性状定位。“科学的方案设 计,严格的质控管理,专业的分析团队,丰富的项目经验,优质的项目服务” 确保每一个环节都能出色完成,助力科学研究。50人
分析团队10年
项目经验600+
结题项目1对1
项目服务信息分析
基于比对分析发现SNP、InDel标记,随后根据标记进行差异分析,以获取与目标性状相关的基因。分析内容 | 解决问题 |
---|---|
与参考基因组比对 | 比对率和覆盖度分析 |
SNP、InDel检测及注释 | 开发SNP、InDel标记 |
子代SNP、InDel频率差异分析 | 寻找有差异的SNP、InDel位点 |
目标性状区域定位 | 找到与目标性状关联的区域 |
候选基因提取和功能注释 | 获得候选基因及基因功能 |
常见问题
1.简化基因组测序适合做 BSA 性状定位吗?
2.候选区间如何确定?
3.候选SNP/InDel和候选基因如何确定?
4.结果影响因素有哪些?
5.经过候选基因筛选,得到目标基因后,如何进行验证?
参考文献:
[1] Takagi H, Abe A, Yoshida K, et al. QTL-seq: rapid mapping of quantitative trait loci in rice by whole genome resequencing of DNA from two bulked populations[J]. Plant Journal, 2013,74(1):174-183.更多内容,可扫描侧边栏"一对一业务咨询"二维码添加科研服务经理咨询。
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