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转录调控测序

UMI small RNA测序—精准定量small RNA表达水平,探究其功能及调控机制

UMI small RNA测序,文库构建时引入特异性分子标签(UMI),结合高通量测序进行精准定量,研究某物种某组织在特定条件状态下18-30 nt的small RNA片段序列信息,主要应用在动植物生长发育调控研究、抗病抗逆调控研究、生物性状及突变调控研究等;在疾病研究方面,可研究疾病发生调控机制、寻找生物标记、靶向药物研究等。 诺禾致源UMI small RNA测序采用Illumina测序平台,通过建库引入特异性分子标签,实现精准定量,通过与数据库比对, 可实现small RNA序列的鉴定、靶基因分析和功能分析, 以及包含miRNA、siRNA、piRNA等多种small RNA类型的分析研究需求等。
  • 精准:

    UMI small RNA 是在建库过程中,利用长度一定、序列随机 / 固定的分子标签来标记初始cDNA 分子,之后进行 small RNA 的测序分析,测序后利用 UMI 标签追溯每一个片段的来源,实现更加精准的定量。

应用方向

适用于所有普通small RNA建库的替换。
  • 植物方向

    植物对环境的适应性、突变、个体发育、遗传性状
  • 动物方向

    农艺性状、适应性、个体发育、遗传性状、药物干预模式动物调控机制
  • 真菌方向

    机理性、应用性、药用食用性研究

诺禾优势

  • 1. 周期快、质量好,稳定性高

    UMI small RNA通过先进的测序平台,一次性可获得数百万条序列,结合先进的分析方法,可在全基因组水平快速鉴定和预测各种类型的small RNA,得到与调控相关的所有基因。
    • 项目周期40天

    • 测序平台Novaseq

  • 2. 方案设计专业,质控严格

    诺禾small RNA(sRNA)测序采用Illumina测序平台,可针对样本中的miRNA、siRNA、piRNA展开分析,既能鉴定已知sRNA、也能预测新的sRNA并预测sRNA的靶基因,为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。

    材料选取

    RNA样品
    >200ng

    文库构建
    UMI small RNA文库

    PE150测序

    信息分析

  • 3. 项目文章以及物种经验丰富

    诺禾致源已经成功对人,小鼠,鸡,酵母,烟草,拟南芥,榆树,油菜,褐飞虱等多个物种进行UMI small RNA测序分析,项目经验十分丰富。
    • 80人

      分析团队
    • 7年

      项目经验
    • 600+

      结题项目
    • 1对1

      项目服务

信息分析

诺禾UMI small RNA测序是在建库的时候用包含UMI标签的接头替代普通建库的接头,在测序后可以通过对UMI标签的识别准确去除扩增产生的重复对基因进行准确定量,进一步能够解析miRNA、 siRNA、piRNA和其它非编码RNA以及相应靶序列。测序原始数据质控后,进行Clean reads 长度分布统计,small RNA注释,已知 miRNA 注释,ncRNA分析,新miRNA 预测(有参考基因组),差异基因分析,miRNA 家族分析,差异表达 miRNA聚类分析,miRNA靶基因预测,靶基因GO、KEGG富集分析。通过数据分析,协助研究者快速从海量数据中找出与条件相关的small RNA,然后进⼀步探究这些small RNA的生物学意义。

关联分析

  • 1.miRNA与lncRNA关联分析

    • 当lncRNA上带有miRNA结合位点时,miRNA可与lncRNA结合影响lncRNA的功能。同时,根据ceRNA理论,miRNA可以通过RISC与lncRNA结合,指导lncRNA的降解。miRNA的靶向lncRNA预测分析,可通过生信分析软件预测差异表达的miRNA的靶向lncRNA。
  • 2.miRNA与mRNA关联分析

    • 根据miRNA对mRNA的抑制作用原理,筛选显著下调的miRNA和显著上调的mRNA,以及显著上调的miRNA和显著下调的mRNA的组合作为靶基因对。
  • 3.miRNA与CircRNA关联分析

    • CircRNA通过与miRNA结合的方式抑制miRNA的功能。通过生信软件分析预测circRNA和miRNA的靶向关系。

送样建议

样品类型 送样量
新鲜植物组织 ≥150mg
新鲜动物组织 ≥100mg
新鲜培养细胞 ≥1×10 6
菌体 ≥1×10 6或≥100mg
新采集的全血 ≥3 ml
Total RNA建库起始量 ≥200ng

常见问题

  • 1.UMI小 RNA 测序对样品提取有什么特殊要求?

    • 提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒,也不要使用LiCl沉淀,以免丢失小片段RNA。如果直接提供small RNA样品,可以使用small RNA提取专用试剂盒来进行提取。
  • 2.为什么实验结果中会存在降解的 rRNA序列?

    • 由于 total RNA 会发生轻微的降解,生物体内也有自然的降解过程,因此实验结果中会含有小部分 mRNA 降解片段。但通常比例很低,并且取决于样品 total RNA 的质量。
  • 3.进行UMI small RNA 测序时,客户除了样品以外还需要提供哪些相关信息?

    • 需要提供相应物种的参考基因组相关信息。如果没有本物种的基因组,需要提供近缘物种的相关信息。

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