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UMI产品

声明:
实验室不接收《人间传染的病原微生物名录》(点击查看)的所有样品。对于高毒性动植物等样品,必须事先通过销售、客服或运营经理与诺禾致源技术人员联系,确定无高致病性和传染性后才能寄送样品。
提取风险提示和注意事项:核酸提取质量与物种及组织部位、采集方法及保存状态、提取方法及操作、实验器材及环境等因素均有密不可分的联系,尤其是三代超长提取对样本的要求更高。组织提取时可能受到上下游处理操作的影响,因此较难保证单次提取满足质量要求,客户应在寄送组织样品前进行备份。为了保障获得高质量的核酸,请务必按照送样手册所规定的准备样本。对珍贵样本或者微量样本,建议自行提取。取样过程中,需要全程佩戴手套,并且使用预冷乙醇对取样器材进行擦拭消毒,以免样本污染

1 动物组织

样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
动物组织 100mg 寄送时将样本管放入更大的管或自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,足量干冰运输,保证开箱验收时有足够干冰剩余。 选用新鲜采集的样品送样。采样时应选取核酸含量较多的部位(如动物的肝脏等组织)。
动物组织处理方法:
(1)从动物活体取材获得组织后,快速用预冷的RNase-free水进行漂洗,去除血渍和污物,并剔除结缔组织和毛发等非研究组织。
(2)组织样品处理及切割过程应在冰上快速进行,时间过长会导致样品RNA降解。组织样品离开活体后,请在3min内完成组织取样及液氮速冻。样品离开活体/或者原生长环境后,样品中的内源酶即会开始降解RNA,降解速度与内源酶含量及温度有关。
(3)抑制内源酶活性的方法:A.立即加入裂解液,迅速匀浆。B.切成小块后立即投入液氮冷冻。这两个办法都要求操作快速。前者只适合细胞及内源酶含量较低的并且较容易匀浆的组织;后者适合所有的样品,通常,肝脏、胸腺、胰腺、脾脏、脑、脂肪、肌肉组织选择后者。
(4)体积较大的组织样品离开活体后需要快速分割成50-100mg的小块,液氮速冻后放入预冷的RNase-free带螺旋帽的2.0ml的EP管/冻存管中(请不要将样品直接保存于密封袋或不带螺纹旋盖的EP管中,因密封袋经过液氮速冻后变脆易破裂,易导致样品交叉污染,不带螺纹旋盖的EP管容易渗入液氮,导致管内体积膨胀爆管),封口膜封口,立即-80°C保存。
(5)动物组织样品如果使用RNAlater类的商业组织RNA保护试剂保存组织样品,请严格按照相关产品的说明书进行操作,取材时使组织块保持在试剂要求的大小范围,以保证试剂充分渗透,以免引起降解。注意:厚度小于0.5cm的新鲜组织(半个黄豆粒大小)如果厚度大于0.5cm,先切薄浸入5-10倍体积的RNAlater中。若组织块过厚,RNAlater体积少,则组织浸透不充分,内部组织易降解。
(6)如果使用TRIzol裂解液保存送样,请务必先进行液氮研磨破碎,然后溶于TRIzol中,参考用量为20-50mg/mlTRIzol;组织样品切勿过量,组织块大小0.2cm-0.3cm(绿豆粒大小),避免组织块较大,裂解不充分,且在融化过程中发生内源降解。注意:TRIzol保存的组织、细胞或研磨样,需要完成室温裂解10min后,在-80°C低温冻存,防止裂解不充分发生降解。
(7)样品采集时请将样品按照一次提取的量进行分管保存,避免提取时由于二次分管和并管引起样品降解。为确保实验的顺利,请将样品备份1-2份,以防备部分样品降解重新取材、制备或送样,耽误时间。
(8)肿瘤组织本身RNase较活跃,离体后请立即速冻、分割组织至约2-3mm厚,然后立即液氮速冻,速冻后放入预冷螺纹的RNase-free带螺旋帽的2ml的EP管/冻存管中,然后用封口膜封口,立即-80°C保存。若没有液氮速冻条件,可放入预装有RNAlater(RNA组织保存试剂)的2.0ml RNase-freeEP管中,用封口膜封口。请严格按照相关产品的说明书进行操作,取材时使组织块保持在试剂盒要求的大小范围,并按说明书要求保存。

2 植物组织

样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
植物组织 150mg 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,并用大体积干冰运输,保证诺禾开箱验收时有足够干冰剩余。 选用新鲜采集的样品,采集样品时应选取核酸含量较多的部位(如植物的幼嫩部位)
植物组织处理方法:
(1)植物样品采集时快速用RNase-free水擦拭或冲洗干净,再用吸水纸吸干样品表面。
(2)组织样品处理及切割过程应在冰上尽可能快速进行,将样本分割成100mg左右的小块,时间过长会导致样品RNA降解。组织样品离开活体后,请将在3min内完成组织取样。样品离开活体/或者原来的生长环境后,样品中的内源酶即会开始降解RNA,降解速度与内源酶含量及温度有关。
(3)抑制内源酶活性的方法:A.立即加入裂解液,迅速匀浆;B.切成小块之后立即投入液氮速冻。这两个步骤都要求操作迅速。前者只适合细胞及内源酶含量较低的且较容易匀浆的组织;后者适用所有的样本,通常,植物组织选择后者。
(4)植物组织样品采集后,立即液氮速冻,并放入预冷的15/50ml离心管中(请勿将样品直接保存于密封袋,因密封袋经过液氮速冻后变脆易破裂,易导致样品交叉污染),封口膜封口,立即-80°C保存。
(5)不使用RNAlater等RNA保护试剂保存植物组织样品,因为一般植物细胞含有细胞壁,RNA保护试剂很难渗透到细胞中(具有自然屏障防止扩散的植物如蜡表皮的叶组织需要先破坏其屏障,以允许RNAlater进入组织)。TRIzol方法并不适用于萃取大多数植物组织样品。
(6)样品采集时将样品按照一次提取的量进行分管保存,避免提取时由于二次分管和并管引起样品降解。为确保实验的顺利,请将样品备份1-2份,以防备部分样品降解重新取材、制备或送样,耽误时间。

3 细胞样本

样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
悬浮细胞 1×106 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,并用大体积干冰运输,保证开箱验收时有足够干冰剩余。 细胞样品不要保存于RNAlater一类组织RNA保护试剂中送样。
贴壁细胞
悬浮细胞处理方法:
(1)收集用PBS缓冲液快速洗一次,每5×106个细胞加入1mlTRIzol试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态;放入-80°C冰箱中保存。
贴壁细胞处理方法:
(1)用PBS缓冲液快速洗一次;按每10cm2培养面积(相当于六孔板一个孔或35mm直径培养皿)加1mlTRIzol试剂的比例加入TRIzol试剂;
(2)用1ml枪头反复吹打,使TRIzol接触所有长有细胞的培养瓶表面,并进行充分消化;转移到RNase-free的1.5ml或2ml的离心管中,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态,放入-80°C冰箱中保存。
(3)也可将细胞样本收集到离心管之后,去掉培养基,用PBS缓冲液快速清洗一次,然后离心去掉上清,不加裂解液,直接液氮速冻,放入-80°C冰箱中保存。
(4)采样时按照一次提取的量进行分管保存,避免提取时由于二次分管和并管引起样品降解。为确保实验的顺利,请将样品备份1-2份,以防备部分样品降解重新取材、制备或送样。

4 菌体样本

样本类型 送样量 样本保存和运输 注意事项
菌体 1×106 寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,并用大体积干冰运输,保证诺禾开箱验收时有足够干冰剩余。 不接收TRIzol裂解液送样,TRIzol直接保存菌体细胞,无法有效裂解细胞膜,导致提取不成功。
菌体样本处理方法:
(1)菌体样品请收集液体培养基中对数生长期的菌体。
(2)通过低速离心收集菌体并尽可能将培养基去除干净,收集于1.5/2mlEP管中,用封口膜封好后立即液氮速冻,于-80°C保存。
(3)菌体体积密度较小的样品不建议保存于RNAlater一类组织RNA保护试剂中送样,因为RNAlater密度较大,保存于RNAlater中的菌体不便于后续离心收集。
(4)样品采集时请将样品按照一次提取的量进行分管保存,避免提取时由于二次分管和并管引起样品降解。为确保实验的顺利,请将样品备份1-2份,以防备部分样品降解重新取材、制备或送样。

5 血液样本

样本类型 送样量
全血 3 ml
血细胞样品的制备(哺乳动物收集白细胞进行后续实验):
(1)在已加入抗凝剂(因肝素会影响下游建库测序,请选用除肝素外的其它抗凝剂)的新鲜全血中加入等体积PBS(1×),充分混匀;缓慢转入另一已加入淋巴细胞分离液的离心管中,并使上述混合液处于淋巴细胞分离液液面之上(即两种液体不要混合,保留清晰的界面),20°C,3000g离心30min;
(2)用移液器小心分离出白细胞层;用PBS(1×)清洗白细胞,离心回收白细胞,弃去上清;加入白细胞20倍体积的TRIzol试剂,用一次性注射器进行反复抽打细胞直至看不见成团的细胞块,整个溶液呈清亮而不粘稠的状态;
(3)液氮速冻后放入干冰或-80°C冰箱中保存。
(4)寄送时将样本管放入更大的管或者自封袋中,防止样本运输过程中被破坏,并用大体积干冰运输,保证公司实验人员开箱验收时有足够干冰剩余。
TRIzol法样品的制备(请用紫头管采集血液):
(1)取15ml离心管1个,加入6ml TRIzol和2ml新鲜血液(TRIzol:血液=3:1),用移液器吹打几次以帮助裂解样品中的细胞。
(2)样品剧烈震荡混匀1-2min,直到絮状物全部溶解。
(3)室温孵育5min以使核蛋白体完全分解。
(4)将处理过的混合液分装到4个2ml冻存管中,写好编号。
(5)封口膜封存,-80°C冻存。注意:血液不宜保存在RNAlater中,因为它们蛋白含量过高,与RNAlater混合后易形成不溶的沉淀。

6 TotalRNA样本及其他医学样本

样本类型 送样量
TotalRNA UMI-mRNA UMI-smallRNA
浓度大于10ng/μl总量大于400ng 浓度大于20ng/μl总量大于200ng
RNAlater送样组织制备建议(特别是肿瘤组织样本,优先选择RNAlater):
(1)组织离体后,尽可能在冰上快速分成小块,浸泡在5倍体积的RNAlater(RNA组织保存试剂)。
(2)充分浸泡后,-80°C保存,干冰运输。
(3)组织块直径最好介于1mm-5mm(介于小米粒至绿豆之间),过小不利于样本收集,过大保护液不能均匀地渗透到组织细胞;放入足够干冰寄送或者置于-80°C。
(4)RNAlater适用于肿瘤以及容易降解的组织部位送样,其他正常组织同样适用。
(5)如果是肿瘤样本,应尽可能准确地判定肿瘤组织和正常组织,如果有条件请根据冰冻切片报告的结果来判断要进行研究的取材部位。
(6)为确保实验的顺利,建议样本备份1-2份,以防样品降解重新取材、制备或者送样。
TRIzol送样组织制备建议:
(1)组织离体后,尽可能在冰上快速分成小块,浸泡于TRIzol中,冻存管或者离心管封口膜封好后送样;
(2)组织块直径最好介于1mm-5mm(介于小米粒到绿豆之间),过小不利于样本收集,过大则保护液不能均匀渗透到组织细胞;放入足够干冰箱寄送或者置于-80°C保存。
(3)适用于培养或者收集的各种细胞以及组织的新鲜液氮研磨样;其他组织也同样适用。
液氮冷冻送样组织制备建议:
(1)组织取样前准备好足够的液氮和已经写好样本编号的冻存管(液氮速冻要充分)。
(2)迅速取下合适大小的新鲜组织部位,快速进行清洁等处理后,迅速浸没于液氮中。
(3)将组织样本从液氮取出放入准备好的预冷的冻存管中,再次将样本进行液氮速冻。
(4)放入足量干冰箱寄送或者置于-80°C保存。
(5)适用于足够新鲜且不易降解的组织部位取样,其他正常组织同样适用。

7 注意事项

组织提取由于受组织上下游处理条件和组织本身特性等诸多因素影响,RNA提取风险较大,较难保证RNA提取质量,请做好组织备份。
(1)植物类组织,由于植物叶片、果实、块根或根茎含有高浓度的多糖多酚物质,以及其他复杂的未知成分,提取难度较大,需加大送样量或做好备份。
(2)反复冻融的组织不建议送样。送样前注意组织保存的状态,确保组织未发生过冻融事件方可送。尤其针对动物肝脏、脾脏、胰腺、肾脏、心脏、脂肪、大脑组织或肿瘤组织等一类RNase较活跃的组织、各类菌体、藻类。
(3)水产类组织:鱼、虾、蟹等鱼类死后经历僵硬、自溶和腐败变质三个阶段。自溶导致RNA极易降解,不同鱼类僵硬期时长不同,死前剧烈挣扎和高温会缩短僵硬期,而且冻融后会很快自溶,导致RNA降解。请将一定要选取新鲜活体,制备样品时低温快速处理,并一定要避免反复冻融。
(4)长年保存的组织:组织样本保存时间超过一年或以上,RNA提取风险加大,RNA质量较差,不建议送样。此类组织包括植物老根、果实等,动物肝脏、脂肪、脑组织等,鉴于这类组织RNase非常活跃的特点,组织部位离体后,务必在半分钟内将离体组织用液氮速冻,放入-80°C冰箱中保存,或液氮下切割成2-3mm厚的小块,浸入RNAlater保护试剂保存。如果组织离体超过3min未进行处理会影响RNA的质量。
(5)全血类:为保证提取成功率,请用紫头管采集血液,做好淋巴细胞分离工作,并加入TRIzol裂解液保存再送样。如果条件不允许分离淋巴细胞,也请将新鲜收集的全血与Trizol按比例混合后再保存送样,或将全血装入PAXgeneBloodRNAtube(QIAGEN公司,使用时请严格按照说明书操作)。如果以上三种全血样品保存方法均难以做到,请自行提取。若坚持送样,则需承担责任和提取风险(直接将未处理的全血样本冻存送样,提取RNA的成功率很低)。

8 样本打包及寄送建议

  • 8.1 样本的打包

    (1)核酸样品建议使用质量好的1.5ml或2ml 低吸附EP管装载样品,并用封口膜封口。为了防止样品管破裂,或者污染和混乱,请不要使用诸如PCR管、0.5ml EP管、八联管、96孔板、深孔板等非标准管送样。非标准管不利于样品保存以及后续实验的进行。如有样品使用非标准管制备,还请在送样前自行转管处理。
    (2)组织样本建议根据送样量使用合适规格带螺纹帽的EP管、冻存管或者离心管装载组织样品,并用封口膜封口。
    (3)为防止样品管在运输过程中受到干冰挤压破裂,最好将样品管放到50ml离心管或其他支撑物中,并在支撑物里添加棉花或卫生纸缓冲。大量样品建议将EP管放置在冻存盒中,并在冻存盒外面包裹气泡垫。如使用锡箔纸、自封袋装载的样品,为防止运输中受挤压破损,建议将锡箔纸折叠整齐装在自封袋中,在样品包装外再用气泡垫包好并固定。
    (4)对于血液样品,建议采用5-10ml 塑料抗凝采血管装载,为了防止运输过程中采血管因挤压而损坏,需要将每支采血管管身均用气泡垫包好,然后放置到塑料或纸质包装盒中。
    (5)用乙醇沉淀的样品由于运输中会有少量乙醇挥发出,建议将样品管盖用封口膜缠绕4-5圈。
    (6)为便于处理和保存,组织样品送样量请不要超过建议送样量的5倍(特殊的得率较低的样品除外)。
  • 8.2 样本的名称标识

    (1)所有的样品必须具有清晰的标记,并且简洁明了。
    (2)使用锡箔纸包装的组织样品建议在锡箔纸内外均标记样品名称,并将锡箔纸放在自封袋中,自封袋外面再标记上样品名称,防止锡箔纸上样品名称模糊引起样品混乱。
    (3)使用乙醇沉淀的核酸样品,由于挥发出的乙醇会使记号笔的标记模糊,建议用油性记号笔将样品名称写在标签纸上,然后用透明胶带将标签纸粘贴在样品管壁上,并缠绕2-3圈。
    (4)样品名称建议使用“字母+数字”命名方式标注在管盖。其他信息如日期、浓度、物种等可标注在管壁。所有标注内容需与《样品信息单》保持一致。

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