DNBelab C-TaiM4单细胞转录组

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样本tSNE/UMAP分型分析

tSNE降维聚类图 UMAP降维聚类图

聚类分析用于识别细胞亚型，根据聚类结果，采用t-SNE/UMAP降维算法，在二维空间上展示细胞的分布情况，同一cluster的细胞用相同颜色表示。

差异基因展示

差异基因violin图形展示挑选每个cluster高表达基因观察其在不同cluster中的表达情况，绘制小提琴图

差异基因tSN图形展示挑选每个cluster的高表达基因进行特异标注，可获得每个差异基因在各cluster中的表达情况。

差异基因聚类热图展示将各个cluster鉴定到的top差异基因进行整体热图展示，同一个cluster内的差异基因表达量会高于其他组，热图中黄色表示高表达，紫色表示低表达。

功能富集分析

GO功能富集 GO(Gene Ontology)是描述基因功能的综合性数据库，可分为分子功能（Molecular Function），生物过程（biological process）和细胞组成（cellular component）三个部分。从GO富集分析结果中，选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示。

KEGG通路富集 KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是整合了基因组、化学和系统功能信息的综合性数据库。从KEGG富集结果中，选取最显著的通路绘制柱状图/散点图进行展示。

Reactome富集分析 Reactome数据库汇集了人类各项反应及生物学通路。从Reactome富集分析结果中，选取最显著的Term绘制柱状图/散点图进行展示。

辅助细胞定义

基于marker gene应用诺禾自主开发novoalgor进行自动化的细胞定义，交付marker基因的UMAP图、小提琴图。

细胞通讯分析

细胞通讯采用cellphoneDB进行细胞通讯分析，可以推断不种细胞类型之间丰富的配体-受体相互作用。

轨迹推断

轨迹推断采用monocle2进行细胞轨迹推断分析，基于关键基因的表达模式，在拟时间中对单个细胞进行排序，模拟出细胞随拟时间发展发育过程的动态变化。将CytoTRACE和monocole2联合，自动通过CytoTRACE确定根节点，并将根节点参数传入monocole2进行分析。

SCENIC转录因子分析

SCENIC转录因子分析采用pySCENIC可以推断不同细胞特有的调节子，并评估调节子在单个细胞中的活性，根据调节子的AUCell进行推断细胞状态；计算不同cluster的调节子特异性得分(RSS)，找到cluster特异的调节子。