Stereo-seq 空间转录组测序分析

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Stereo-seq 空间转录组测序

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单细胞空间转录组揭示了猕猴脑皮层中的细胞类型组织

Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex

发表期刊：cell
发表时间：2023年7月

一、研究结论

绘制了全球首个非人灵长类全脑皮层空间单细胞图谱。在猕猴整个大脑皮质143 个区域上总鉴定出264个细胞簇，及其在皮质中不同脑区和皮层的分布规律和它们的marker genes 。猕猴大脑皮层各细胞类型具有脑区和层依赖的定位模式，并特别指出各种细胞类的区域分布与视觉系统和体感系统中各脑区的层级结构之间的关系，最后在跨物种（人、鼠）比较分析中进一步揭示了在L4层富集的灵长类特异性细胞类型。

二、文章亮点

1.构建了对整个猕猴皮层的细胞类型分类系统；
2.通过立体测序揭示了264个细胞类型及其标记基因的全局分布；
3.细胞类型的区域密度和组成与皮层层级相互关联；
4.跨物种分析揭示了在大脑第4层富集的灵长类特有的细胞类型。

三、主要测序手段

Stereo-seq、snRNA-seq

四、解决生物学问题/组学应用场景

通过Stereo-seq测序分析绘制了猕猴大脑皮层的细胞类型分类树，验证了不同的细胞类型组成与灵长类脑区层级结构的分布存在明显联系，进而发现大量神经元在脑区以及层面的分布存在特异性，视觉与躯体感觉的细胞组成同样在脑区分布存在相关性，结合snRNA-seq测序，将人脑，鼠脑，猴脑的单细胞数据进行比较分析，得到了大脑第4层富集的灵长类特有的细胞类型，这些神经细胞高度表达人类疾病相关基因。研究思路实验方案设计图猕猴大脑皮层细胞类型空间分布图谱

参考文献

[1] Ao Chen et al. Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in the macaque cortex. Cell, 2023, doi:10.1016/j.cell.2023.06.009.