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二代DNA文库类型
1. 动植物重测序
1.1 植物样本
常规送样1.2 动物样本
常规送样1.3 核酸样本
文库类型 | 浓度 | 体积 | 总量 | 备注 |
---|---|---|---|---|
DNA 小片段文库 | >5ng/μl | 20μl≤V≤120μl | >400ng | 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 |
2. 人重测序
2.1 组织样本
a. 新鲜组织:黄豆大小1~2粒,液氮速冻后,-80℃保存(可以保存在RNALater中,切记不要保存在TRIzol中)2.2 核酸样本
文库类型 | 浓度 | 体积 | 总量 | 备注 |
---|---|---|---|---|
人外显子、 目标区域捕获 |
>13ng/μl | 20μl≤V≤120μl | >500ng | 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 |
DNA小片段文库 | >5ng/μL | 20μL≤V≤120μL | >400ng |
3. 宏基因组
3.1 组织样本
a. 土壤/污泥/沉积物/腐殖质:≥5ml(离心管刻度)或≥3g;建议使用5mlEP或15ml、50ml离心管进行装载,并用封口膜封口,使用自封袋容易撒漏导致样品交叉污染3.2 核酸样本
文库类型 | 浓度 | 体积 | 总量 | 备注 |
---|---|---|---|---|
宏基因组文库 | >5ng/μl | 20μl≤V≤120μl | >400ng | 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样或者酌情增加送样量 |
4. 扩增子
4.1 组织样本
a. 植物组织>0.5g,成熟组织部位,例如植物根、茎、种子等部位建议2倍以上送样4.2 核酸样本
文库类型 | 浓度 | 体积 | 总量 | 备注 |
---|---|---|---|---|
DNA 小片段文库 | >4ng/μl | 50μl≤V≤120μl | >150ng | 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 |
5. 单菌(真菌、细菌)
5.1 组织样本
a. 样本量:菌体≥2g,-80℃保存,干冰寄送5.2 核酸样本
文库类型 | 浓度 | 体积 | 总量 | 备注 |
---|---|---|---|---|
DNA 小片段文库 | >5ng/μl | 20μl≤V≤120μl | >400ng | 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 |
6. PCR产物
6.1 组织样本
样本类型 |
PCR-free文库 350bp (基因组) |
PCR-free文库 非350bp (基因组) |
---|---|---|
植物组织 | >3g | >3g |
动物组织 | >1.5g | >1.5g |
细胞 | >8*108个 | >>8*108个 |
动物血液(哺乳类) | >5mL | >5mL |
动物血液(红细胞有核类) | >3mL | >3mL |
唾液 | >10mL | >10mL |
菌液(对数生长期) | >5mL | >5mL |
土壤 | 3mL | 3mL |
粪便、肠道内容物、食糜 | >2mL | >2mL |
瘤胃液 | >2mL | >2mL |
水体(滤膜) | 直径4cm滤膜3张 | 直径4cm滤膜3张 |
拭子 | >10个 | >10个 |
6.2 核酸样本
a.PCR产物要经过纯化(如胶回收纯化),确保条带单一,无降解,无引物二聚体文库类型 | 浓度 | 体积 | 总量 | 备注 |
---|---|---|---|---|
扩增子(pcr产物单建库) | - | 20μl≤V≤120μl | >1500ng | 针对核酸有杂质、污染、粘稠、颜色等情况,需要过柱纯化后送样 或者酌情增加送样量 |
PCR-free文库 350bp | >24ng/μL | 20μl≤V≤120μl | >2μg | |
PCR-free文库 非350bp |
>24ng/μL | 20μl≤V≤120μl | >5μg |
7. Chip-seq
7.1 核酸样本(IP后)
浓度 | 体积 | 总量 |
---|---|---|
>2ng/μl | 20μl≤V≤120μl | >30ng |
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